肝内胆管结石病有静止期也有发作期，在静止期期间病人可以没有任何症状，某些病人会有后背部，肩部隐隐作痛的症状，这些病人都是在，做检查比如做核磁共振或者CT当中发现。
在发作期，其最明显的症状是腹痛，腹痛的部位往往是在上腹部心口窝或者是右上腹，实际上是胆道梗阻的表现。往往是在餐后以后发生剧烈的疼痛，这种疼痛是持续性的，往往是持续20分钟以上伴有恶心呕吐后背部疼痛，这种疼痛往往是胆总管梗阻的表现，也就是说肝内胆管结石已经掉到了胆总管里。
在发作期还有一个明显的症状就是*疸，病人最初的症状是尿色加深，有的病人说尿色像浓茶水，甚至于有的病人说尿色像酱油，紧接着是病人的皮肤巩膜的*染，如果胆总管完全阻塞就可以发生陶土样大便，也就是大便是灰白色的。
在发作期还有一个明显的症状就是发热体温可以达到39度以上，发热之前病人有寒战的表现。一部分病人结石只在肝内胆管，也可以单独有发热的症状，而没有腹痛和*疸的症状，很多病人都是不明原因的发烧，然后去了急诊室，紧接着做一些检查才发现的是肝内胆管结石病。
其余的症状还有皮肤瘙痒和胆道梗阻有关，食欲不振和胆管炎有关。反反复复的胆管炎可以造成肝硬化，门脉高压症。病人有持续的*疸，肝功能衰竭，脾大，腹水上消化道，大出血，等等。
所以肝内胆管结石病必须引起重视，必须及时治疗，以免造成更严重的肝损害。