胆囊结石自然病程的三个阶段介绍如下：
1、第一阶段：胆囊结石形成阶段。胆囊结石可分为单个或多个。可以是新形成的，或已存在很长时间。患者亦无明显症状或只有轻微的不典型的消化道症状。此阶段的特点为胆囊仍能保持正常的吸收、浓缩功能，故可通过口服胆囊造影显示出结石。胆囊呈轻度的慢性炎症性改变，囊壁略增厚。
2.第二阶段：胆囊内出现并发症阶段。并发症多由结石的梗阻引起，主要表现为程度不同的胆绞痛。较小的结石嵌顿于胆囊颈部，常导致剧烈绞痛，而大的结石因不易完全阻塞胆囊颈部，所以不引起剧痛。当胆囊出口被结石阻塞，胆囊内压升高，胆囊内容物不能排出，高浓度的胆盐可引起胆囊黏膜损害。而胆囊黏膜的炎症、充血、水肿、渗出，将进一步增高胆囊内的压力，由此，可发生水肿、出血、坏疽、化脓等急性胆囊炎。老年人更易发生上述情况，甚至胆囊穿孔。
随着结石梗阻的解除，胆囊的急性炎症便迅速好转。部分被破坏的黏膜修复或溃疡愈合，形成纤维疤痕组织，水肿消退，组织间出血被吸收，急性炎症消退，代之以慢性炎性细胞浸润和胆囊壁纤维组织增生而变厚，此时转为慢性胆囊炎阶段。胆囊可能肿大、积液，甚至呈萎缩状。胆囊吸收、浓缩功能基本或完全丧失，口服胆囊造影不显影。这一阶段约15％的患者伴有胆总管结石。
3.第三阶段：胆囊外出现并发症阶段。并发症的发生及其严重性，一般与病程以及患者的年龄有密切关系：60岁以上并发症多，胆总管含结石率高，死亡率也较高。在诸多并发盎中，常见者为：胆囊肠道内瘘、胆道感染、阻塞性*疸、化脓性胆管炎、肝功能损害等，约O.5％～1.0％的胆囊结石可发生胆囊癌。